Роль гомеопатического метода терапии существенно изменялась. После разработки и некоторой модификации Ганеманом идейных принципов метода, он приобрёл большую популярность, прежде всего благодаря невысокой стоимости гомеопатических лекарственных средств. Так как концепция гомеопатии, развитая в последствии Ганеманом, зародилась в средневековой медицине, когда знаний о происхождениях болезней было недостаточно, приходилось руководствоваться подобными эмпирическими принципами, то гомеопатия вобрала в себя элементы различных алхимических процедур и философских воззрений. В настоящее время, в конвенциональной медицине большинства стран, концепция гомеопатии почти не используется, и является скорее комплементарной медициной.
Несмотря на определённые практические успехи гомеопатии, она в настоящее время переживает серьёзный кризис. Это вызвано, во-первых, тем, что большинство рациональных элементов гомеопатии естественным образом стали частью современной медицины. Во-вторых, значительная часть результативных эффектов от применения методов гомеопатии (не признаваемых официальной медициной), может быть объяснена плацебо-эффектом и неосознанным внушением со стороны обычно очень внимательного к пациенту врача-гомеопата. Не способствует развитию гомеопатии и постоянная «война» внутри идеологии — сторонники «высоких разведений» совершенно не находят общего языка с адептами низких и средних разведений; адепты «монотерапии» не согласны с возможностью приёма нескольких дополняющих средств.
Кроме того, идеологию гомеопатии взяли на вооружение и многочисленные шарлатаны от медицины, понимающие, что психотерапевтического эффекта от «гонимой», «оппозиционной» гомеопатии в сочетании с индивидуальным внушением часто вполне достаточно для излечения, или хотя бы для временной кажущейся компенсации множества проблем здоровья. Однако, у таких шарлатанов есть и «оправдание» — «ортодоксальный», но невнимательный врач нередко может нанести больше вреда больному — например, назначая неоправданную фармакотерапию малоисследованными модными лекарственными препаратами, или неоправданное оперативное вмешательство — чем шарлатан своим чисто психологическим эффектом «лечения». Известны случаи, когда совершенно «законные», фармакопейные лекарственные препараты были сняты с производства, или ограничены в использовании спустя десятки лет активного применения — из-за неверно определённого соотношения «польза-вред» при их разработке (белый мышьяк, кокаин, талидомид, бета-блокаторы и т. д.).