Система вентиляции может быть организована двумя способами. Первый — естественный, за счёт комбинации створок, кровельных люков и вентиляционных клапанов. Второй — принудительная система приточно-вытяжной вентиляции с помощью открывающихся проёмов. Вытяжные элементы устраиваются в кровле, приточные — в нижней части зимнего сада. Общее требование — 20 % площади поверхности зимнего сада должно открываться. Возможно применение встроенных фрамуг автоматического открывания. В этом случае при поступлении на контрольную панель управления сигнала с датчика о повышении/понижении температуры/влажности внутри помещения окна автоматически откроются или, соответственно, закроются.
Вентиляционные системы зимних садов контролируют приток и отток воздуха в помещении сада, постоянно поддерживая нужную температуру и влажность. Вентиляционные окна, которые обычно устанавливаются с южной и юго-западной стороны, спасают от духоты в особенно солнечные дни. Приточные и вытяжные электровентиляторы автоматически регулируют воздухообмен и приятный климат в помещении. Механические приточные вентиляторы усиливают эффект кондиционирования благодаря притоку свежего воздуха над полом.